醫院創建于1961年，前身為浙江中醫學院門診部，時為浙江中醫學院唯一的臨床教學基地，被中醫界譽為“浙江省名中醫的搖籃”。2003年，門診部與原浙江中醫學院針推系“院系合一”，成立浙江中醫學院針灸推拿醫院，并于2006年隨大學升格更名為浙江中醫藥大學附屬第三醫院。2008年底，醫院與原浙江省郵電職工醫院合并重組，轉型為綜合性中醫醫院。2009年，加冠浙江省中山醫院。

醫院現有職工1057人，高級職稱132人，其中衛生部和浙江省有突出貢獻中青年專家1人、中醫藥高等學校教學名師1人、浙江省衛生領軍人才1人、全國老中醫藥專家學術經驗繼承指導老師6人、浙江省名中醫4人、浙江省杰出青年基金獲得者1人、浙江省衛生創新人才1人、浙江省151人才9人。此外，醫院還擁有核磁共振（MRI）、64排螺旋CT、DSA、PCR儀、全自動生化分析儀、彩色超聲診斷系統等大型現代化醫療設備，為醫教研協調發展提供了堅實的基礎。

醫院堅持“中醫為本、西醫為用、差異化發展”的辦院理念，保持和發展中醫特色，積極追蹤現代醫學治療手段，形成了50個特色鮮明、療效明顯的專科專病專技群，其中國家臨床重點專科3個，國家中醫藥重點專科5個，中風病、面痛癥、肩凝癥、髖關節功能障礙、腰椎間盤突出癥、胸椎錯縫、眩暈病、冠心病、慢阻肺、不孕不育、甲乳疾病、惡性腫瘤等多個優勢病種的療效達到全國先進水平。依托浙江名中醫館的名中醫優勢，積極開展名老中醫學術思想、臨證經驗、獨有技術的傳承與創新，設立我省首個經方醫學研究會，擁有陳木扇女科全國流派傳承工作室和5個全國名老中醫傳承工作室。醫院積極探索多學科聯合診療模式，獲批成立浙江省椎間盤診療中心，并被國家中醫藥管理局列為中醫診療模式創新試點單位。以中醫護理為特色的護理團隊也在全省頗有影響力。

醫院堅持“中醫為本、西醫為用、差異化發展”的辦院理念，保持和發展中醫特色，積極追蹤現代醫學治療手段，形成了50個特色鮮明、療效明顯的專科專病專技群，其中國家臨床重點專科3個，國家中醫藥重點專科5個，中風病、面痛癥、肩凝癥、髖關節功能障礙、腰椎間盤突出癥、胸椎錯縫、眩暈病、冠心病、慢阻肺、不孕不育、甲乳疾病、惡性腫瘤等多個優勢病種的療效達到全國先進水平。依托浙江名中醫館的名中醫優勢，積極開展名老中醫學術思想、臨證經驗、獨有技術的傳承與創新，設立我省首個經方醫學研究會，擁有陳木扇女科全國流派傳承工作室和5個全國名老中醫傳承工作室。醫院積極探索多學科聯合診療模式，獲批成立浙江省椎間盤診療中心，并被國家中醫藥管理局列為中醫診療模式創新試點單位。以中醫護理為特色的護理團隊也在全省頗有影響力。