子宮內膜異位癥是子宮外還存在著子宮內膜腺體和組織。巧克力囊腫是與子宮內膜異位癥相關的一種特殊類型的卵巢囊腫。所謂的“巧克力囊腫”其實也是子宮內膜異位癥的一種，這些是由子宮內膜組織形成的卵巢中的囊腫。之所以稱為巧克力囊腫，主要因為其物理外觀，因為這些生長物通常由干燥的血液組成，使其外觀呈棕色。當子宮內膜組織在卵巢中生長時，就會形成巧克力囊腫。巧克力囊腫通常充滿陳舊的、深色的、紅褐色、泥褐色的血液。

巧克力囊腫的直徑可以在0.5到8英寸（1.5-20厘米）之間變化，正常情況下，不必擔心起存在。然而，如果它們破裂，它們的內容物會溢出到卵巢和盆腔，這可能會引起疼痛，并且還會導致骨盆中的某些器官結合在一起。如果輸卵管和卵巢發生這種情況，可能會導致不孕。巧克力囊腫影響生育期的女性，并可能導致與月經期相關的慢性盆腔疼痛（月經痙攣、子宮內膜異位癥）。
 
巧克力囊腫一般從表面病變開始，這個過程變成侵入性的并且子宮內膜異位病變內化到卵巢組織中。一旦月經在卵巢的子宮內膜異位癥部位，就會形成充滿巧克力色液體的巧克力囊腫。實際上，它是一個囊腫，代表封閉區域（卵巢內部）長時間周期性月經產生的碎片。通常情況下，巧克力囊腫和正常卵巢在囊壁和正常的相鄰卵巢組織之間存在界限分明的分離。但是嚴重的巧克力囊腫甚至完全侵占了正常卵巢，有一些記錄像棒球或葡萄柚一樣大。

每月，當釋放激素信號準備子宮接受受精卵時，子宮內膜會變厚，為受精卵準備溫暖舒適的“床”。當沒有懷孕時，內膜會以月經周期的形式脫落。另一種激素釋放表明內膜脫落，通過肌肉收縮有效地從身體中釋放出來。而當內膜在子宮外生長時，這種脫落是不可能的，不能脫落，但是每個月還是會照常變厚，這就導致內膜積聚，從而發生囊腫子宮內膜異位癥。

巧克力囊腫最典型的癥狀是月經期疼痛，通常在幾天前開始，然后持續整個經期。有些人還會伴有性交疼痛，并在性交后持續數小時。此外，巧克力囊腫還容易造成不孕癥，因為卵子從卵巢到輸卵管的通道可能被阻塞。
 
如果出現以上癥狀，最好到醫院及時診斷，巧克力囊腫可以通過X射線或經陰道超聲診斷。如果血液測試CA125呈陽性也可能表明存在巧克力囊腫，不過卵巢癌檢查這一項也會給出陽性結果，所以要注意區分。

目前對于巧克力囊腫的治療，以手術切除囊腫為主。在大多數情況下，巧克力囊腫可以在腹腔鏡檢查中使用小切口和棒狀工具切除，這樣可以最大限度地減少切口尺寸。但是在囊腫非常大的情況下，可能會要切除整個卵巢。