安徽醫科大學第一附屬醫院是安徽省規模最大的綜合性教學醫院，集醫療、教學、科研、預防、康復、急救為一體。前身為上海東南醫學院附屬東南醫院，創辦于1926年。1949年內遷至安徽懷遠縣，1952年遷至合肥市。1993年成為衛生部首批三級甲等醫院。

2011年進入中國最佳醫院80強排行榜。醫院開放床位2582張，設臨床科室41個，醫技科室19個，臨床教研室26個。年門診量215余萬人次，年住院病人10.6萬人次，年手術4.1萬臺次，年教學工作量約1.7萬學時，年接收實習生、進修醫生1000余人。醫院是臨床醫學博士學位授權一級學科點，臨床醫學博士專業學位研究生培養單位，1個臨床博士后科研流動站，碩士學位點覆蓋所有的臨床科室。擁有國家級重點學科1個，國家臨床重點專科7個，安徽省重點學科6個，安徽省臨床醫學重點學科、重點發展學科和重點扶持學科25個。

擁有國家重點實驗室培育基地1個，教育部重點實驗室1個，省部級共建重點實驗室1個，省級重點實驗室4個。醫院擁有博士生導師51人，副高職稱以上專家660余人，博士和在讀博士200余人，碩士380余人，享受國務院和省政府特殊津貼120人，擔任省級以上醫學學術團體負責人60多人，有7人入選全國"百千萬人才工程"，6人被國家人事部、衛生部授予“有突出貢獻的中青年專家”，省廳以上跨世紀學術技術帶頭人、骨干教師100余人，人才實力位居安徽省醫療機構第一。

醫院堅持科教興院戰略，學科技術水平不斷取得新的突破，銀屑病的遺傳學研究和紅斑狼瘡基因研究處于國際領先水平，同種異體肝臟移植、自體干細胞移植、異體干細胞移植、異體腎臟移植、體外循環、心臟不停跳冠脈搭橋、心腦血管介入治療、胸腔鏡和腹腔鏡微創手術、輔助生殖技術、小兒腦癱治療等專業技術水平處國內先進水平。在中西醫結合治療大面積燒傷、微粒皮移植、眼角膜移植、人工晶體植入術等方面積累了豐富的經驗,處省內領先地位。

醫院是衛生部心血管疾病介入診療培訓基地、衛生部腹膜透析培訓示范中心、衛生部臨床藥師培訓基地、衛生部腦卒中篩查培訓基地、衛生部全科醫師培訓基地、衛生部四級婦科內鏡手術培訓基地培育單位。臨床醫學為國家級特色專業建設點，省級教學團隊2個，4人獲安徽省教育名師獎。醫院每年承擔國家級和省級繼續教育項目50余項，培訓學員萬余人。